Toen graaf Hendrik van Portugal en gravin Teresa in Guimarães er kwamen wonen, bouwden ze het kasteel uit tot een volwassen bolwerk. Ze kregen een zoon Afonso Henriques. Hij riep zichzelf uit als prins van Portugal, riep ook de onafhankelijkheid uit van het latere Portugalen kroonde zich in 1139 tot koning van het land. Hij ‘beloonde’ zijn geboortestad Guimarães met de titel van hoofdstad. Later moest het de fakkel van hoofdstad doorgeven aan Porto en nog later Lissabon. Het zou nog tot 1853 duren vooraleer Guimarães echte stadsrechten kreeg.
Het kasteel zou nadat de verdedigende rol was uitgespeeld komen te vervallen, maar het werd volledig gerestaureerd in de 20st eeuw en uitgeroepen tot beschermd nationaal erfgoed.
Tussen het kasteel en het paleis ligt de Kapel van San Miguel (São Miguel do Castelo). Ze is in een romaanse stijl gebouwd tijdens de 12de eeuw en in die zin van symbolisch belang omdat hier de latere koning Afonso Henriques gedoopt werd.